Apabila Raja Kasim, atau gelarannya, Sultan Mudzaffar Shah, diangkat menjadi Sultan, Tun Ali diangkat menjadi bendahara dengan gelaran Bendahara Seri Nara Diraja. Walaubagaimanapun, beliau tidak cekap mengendali hal ehwal negeri Melaka, lalu negeri Melaka mula mundur. Kerana tidak mahu Melaka makin mundur, Sultan Mudzaffar Shah pun melucuti jawatan Bendahara dari Tun Ali, tetapi Tun Ali tidak mahu melepaskannya dan tidak akan menyerahkan semua mohor kerajaan kepada Sultan melainkan Baginda menyerahkan Tun Kudu, isteri Baginda, kepadanya. Tun Kudu mendesak Sultan agar ditunaikan permintaan Bendahara Tun Ali. Tun Kudu pun diceraikan Sultan dan menjadi isteri Bendahara Tun Ali. Tun Perak, adik Tun Kudu, diangkat menjadi Bendahara Melaka pada tahun 1456 dan Melaka kembali maju dan makmur.